Seinen Namen verdankt Paindorf einem gewissen Paio, der sich im Jahre 836 urkundlich erstmals bezeugen lässt. Wahrscheinlich wurde auch um diese Zeit der Ort erstmals besiedelt, also vor circa 1165 Jahren. Im Hochmittelalter war das Kirchdorf sogar Sitz eines eigenen nach ihm benannten Adels. In Schenkungsurkunden an das Hochstift Freising erscheint nach Bitterauf zwischen 1138 und 1158 als Zeuge ein gewisser Adalprecht de " Baindorf". Es handelt sich hierbei um eine Schenkung eines Hofes zu Asbach bei Petershausen an das Augustinerchorherrenstift Indersdorf. 1199 werden als Zeugen die adeligen Gebrüder Chunradus und Heinricus de "Pagndorf" erwähnt.

Was die grundherrschaftlichen Zustände betrifft, besaß das nahe gelegene Benediktinerkloster Scheyern im Jahre 1752 den Hauptteil der 11 Anwesen: Ihm gehörte dre halbe Höfe (Mühle, Westl und Ebmer), ein Viertelhof (Angermayr) und ein Achtelhof (Zubaugut zum Estl). Ferner besaß das Kloster Indersdorf den ganzen Hof beim Walter. Auch der Pfarrhof von Lampertshausen - heute eine Filiale von Steinkirchen bzw. Jetztendorf - war hier Grundherr mit erinem Viertelhof, dem Zubaugut zum Angermayr. Zur Kirche Johanneck (Pfarrei und Gemeinde Paunzhausen, Landkreis Freising) war das Schuemacherguet, ein Achtelhof, grundbar. Der Sechzehntelhof des Mesners gehörte der Ortskirche, das Hüterbubenhaus der Dorfgemeinde

Erwähnenswert ist noch das Patrozinium der Filialkirche, das auf die Lage an der Ilm, die das Dorf gleichsam umschlingt, hindeutet. Der hl. Bischof Nikolaus ist ja der Patron des Wassers, der Schiffer, der Flößer und der Müller. Diese wohl im ausgehenden Mittelalter erbaute und im Jahre 1777 um das Langhaus erweiterte Filialkirche besitzt die älteste Figur des Dekanates Scheyern, wenn nicht gar des ganzen Landkreises Pfaffenhofen a.d. Ilm. Sie steht auf der Mensa (Altartisch) des rechten Seitenaltars: ein auf einem throne sitzender St. Nikolaus, der aus der Zeit zwischen 1200 und 1250 stammt.

Am 1. Januar 1971 kam die Gemeinde Paindorf zum Verwaltungsbezirk Reichertshausen. Die ehemalige Gemeinde bestand als solche erst seit dem Jahre 1818. Die Gemeinde Paindorf wurde 1818 aus dem Steuerdistrikt Reichertshausen mit den Ortschaften Grafing, Gurnöbach, Holzhof, Ilmberg, Kerum, Kohlmühle und Paindorf gebildet. Aus der ältesten noch vorhandenen Gemeinderechnung von 1839l40 ist zu entnehmen, daß es damals in der Gemeinde Paindorf 28 Familien gab. Jede hatte Kreuzer zu zahlen, die der Gemeindevorsteher als Jahresgehalt (1 Gulden 24 Kreuzer) erhielt. Insgesamt sind im Gemeindehaushalt 14 fl 23 x an Einnahmen und 13 fl 59 x an Ausgaben verbucht. Bis 1869 stiegen die Einnahmen auf 148 39 x 1 h und die Ausgaben auf 137 fl 19 x an.

Wegen Erweiterung der Distriktsstraße von Reichertshausen nach Jetzendorf wurde 1877 das Gemeindehaus abgebrochen, das Material für den Bau eines Feuerhauses verwendet. Weil es um die Wegeverhältnisse sehr schlecht stand. erließ die Gemeinde 1885 für Fuhrwerke mit über 80 Ztr. Ladung ein Verbot, auf den Gemeindeverbindungswegen zu fahren. 1890 -1892 wurde das zweite Bahngeleise gebaut, die Gemeinde gab dazu 60 qm Grund ab. Nach jahrelangen Verhandlungen wurde ab 5. Juli 1905 die neuerrichtete Station Paindorf "für die Abfertigung von persönlichem Reisegepäck, Hunden und Kleingepäck" eröffnet.

In den Jahren vor dem Ersten Weltkrieg machten sich die Einwohner ein Vergnügen daraus, sog. Heiler- und Hunderennen zu veranstalten. Das Heilerrennen war ein Pferderennen im Frühjahr anl&aumml;ßlich der Hengstbeschneidung. Nach Schmeller ist der "Hailer (Heiler) ein junges Pferd oder Rind, das verschnitten (kastriert) worden ist und noch nicht oder noch nicht seit langen wieder ganz geheilt ist". Es könnte auch ein Ochsenrennen gewesen sein. Eine wichtige Einnahme für den schwachen Gemeindehaushalt brachte die Jagd die 1916 um 1200 M und nach der Inflation 1926 um 150 M an jeweils zwei Münchner Bürger verpachtet wurde. Wie die Zeitung berichtete, kamen 1919 viele Hamsterinnen aus München. Die erste Femsprechstelle wurde 1927 im Gasthaus Daniel eingerichtet.

Als die Nationalsozialisten 1933 die Macht ergriffen, gab es bereits mehrere Leute, die Wohlfahrtsunterstützung erhielten. Die Gemeinde war ziemlich verschuldet. Durch Steuererhöhungen und Verpflichtung aller Bürger zu Gemeinschaftsarbeiten mit Hand- und Spanndiensten wurden die Schulden abgebaut. Die Gemeinde beteiligte sich auch 1937/38 am Bau des Hitlerjugendheimes in Reichertshausen. Nach dem Krieg setzte zwischen 1950 und 1960 eine rege Tätigkeit im Wohnungsbau ein. Alte Häuser wurden abgerissen und durch neue ersetzt. Baugebiete für Neuansiedler wurden ausgewiesen. Damit einher ging in den 60er Jahren der Ausbau der Ortsstraßen und Gemeindeverbindungswege, der Bau der Wasserleitung und der Kanalisation. Der schienengleiche Bahnübergang wurde 1962 durch eine Straßenunterführung beseitigt und gleichzeitig der Bahnhof umgebaut. Durch einstimmigen Beschluß des Gemeinderates mit Bürgermeister Kapsar Mösner wurde Paindorf mit seinen Ortsteilen am 1. Januar 1971 nach Reichertshausen eingemeindet.

Oberpaindorf erhielt seinen Namen erst im Jahre 1962, vorher hatte es die Bezeichnung Paindorf-Siedlung. Dieser Ort verdankt seine Entstehung zu Anfang der fünfziger Jahre einmal der Nähe des Bahnhofes Paindorf, zum andern der Freigabe von Baugrund aus den Gemeinden Paindorf und Pischelsdorf. So konnten viele Flüchtlinge und Heimatvertriebene des Zweiten Weltkrieges, die aus den verschiedenen Gebieten wie Ungarn, Batschka, Banat, Siebenbürgen, Böhmen und Mähren, aus Schlesien und Ostpreußen abstammten und in den umliegenden Orten und Gehöften notdürftig untergebracht waren, ein neues Zuhause finden.

Wohl aus Dankbarkeit für die neugefundene Heimat wurde durch die Siedler am damaligen Ortseingang, Ecke Laushamer-Oberhauser Straße, ein Wegkreuz errichtet, das 1958 durch Pfarrer Michael Estendorfer feierlich geweiht wurde.